El abdomen de los odonatos es bastante largo y puede ser cilíndrico en algunos casos o aplanado en otros. Está constituido por diez segmentos (del S1 al S10) más un undécimo segmento vestigial y a cada lado pueden observarse ocho aberturas estigmáticas. El segmento S1 es el pnto de unión entre el tórax y el resto del abdomen, teniendo un tamaño muy reducido.
El macho presenta la abertura genital situada en el noveno segmento, mientras que el órgano copulador en lugar de encontrarse en la zona terminal como ocurre en todos los insectos, se halla situado en la parte inferior del segundo y tercer segmentos. Este órgano está constituido por un pene o edeago, una vesícula seminal y algunas estructuras (hámulos) que a modo de ganchos sirven para retener el abdomen de la hembra. El pene en los odonatos adopta un gran numero de formas y está relacionado con varios procesos, ya que no solo funciona como un órgano copulador sino que permite eliminar el esperma extraño que hubiera dentro de la hembra antes de la cópula. El pene de los caballito no está trisegmentado a diferencia del qe aparece en las libélulas,, qe tiene una forma similar a un ancla. De hecho en ambos surórdenes el órgano intromitente es una estructura diferente (una modificacion de la vesícula seminal en los anisópteros y el edeago en los zigóspteros).
La sujección de la hembra durante la cópula
es de gran importancia para realizar una inseminación correcta, para ello los machos portan unas estructuras en forma de gancho, los hámuli, que sujetan el abdomen de la hembra facilitando el acople de las dos genitales.
El abdomen de la hembra, generalmente más corto y ancho que el del macho, presenta la abertura genital situada debajo del octavo y noveno segmentos y en zygópteros y algunas familias de anisópteros (aésnidos y cordulegastéridos) aparece un órgano ovopositor formado por tres pares de apéndices bastante largos. En el resto de anisópteros no existe ovopositor como tal y sólo aparecen unos pequeños apéndices vestigiales.
Tanto en machos como en hembras el décimo segmento presenta dos apéndices situados en la parte superior denominados cercoides. Además en los machos de anisópteros, en el undécimo segmento del abdomen y en posición inferior, aparece un apéndice conocido como lámina supra-anal, mientras que en los machos de zygópteros aparecen dos apéndices denominados cercos. Cercoides, cercos y lámina supra-anal reciben el nombre genérico de apéndices anales. Estos apéndices son utilizados por los machos para sujetar a la hembra durante la cópula y son específicos de cada especie dificultando la cópula entre individuos de especies diferentes. Sin embargo, a veces se observan cópulas interespecíficas (entre individuos de distinta especie) e incluso tándems formados por individuos machos.