El abdomen de los odonatos es bastante largo y puede ser cilíndrico en algunos casos o aplanado en otros. Está constituido por diez segmentos (del S1 al S10) más un undécimo segmento vestigial y a cada lado pueden observarse ocho aberturas estigmáticas. El segmento S1 es el punto de unión entre el tórax y el resto del abdomen, teniendo un tamaño muy reducido.
El macho presenta la abertura genital situada en el noveno segmento, mientras que el órgano copulador en lugar de encontrarse en la zona terminal como ocurre en todos los insectos, se halla situado en la parte inferior del segundo y tercer segmentos. Este órgano está constituido por un pene o edeago, una vesícula seminal y algunas estructuras (hámulos) que a modo de ganchos sirven para retener el abdomen de la hembra. El pene en los odonatos adopta un gran numero de formas y está relacionado con varios procesos, ya que no solo funciona como un órgano copulador sino que permite eliminar el esperma extraño que hubiera dentro de la hembra antes de la cópula. El pene de los caballito no está trisegmentado a diferencia del qe aparece en las libélulas, que tiene una forma similar a un ancla. De hecho en ambos surórdenes el órgano intromitente es una estructura diferente (una modificacion de la vesícula seminal en los anisópteros y el edeago en los zigóspteros).
La sujección de la hembra durante la cópula es de gran importancia para realizar una inseminación correcta, para ello los machos portan unas estructuras en forma de gancho, los hámulos, que sujetan el abdomen de la hembra facilitando el acople de los dos genitales.
Las hembras carecen de genitalia secundaria, pero tienen bien desarrollada la genitalia primaria situada entre los segmentos 8 y 9. El abdomen es generalmente más corto y ancho que el del macho. este genitalia está constituida por un aparato ovopositor formado por tres pares de vallvas (valvífero 1, valvífero 2, valvífero 3) aseradas que permiten insertar los huevos sobre la vegetación y el estilo, estructura que permite mantener la linealidad durante la puesta de los huevos en especies que realizan puestas endofíticas. Estas valvas, en algunas familias de libélulas, no aparecen, realizándose la puesta sobre el agua al introducir el extremo del abdomen o simplemente dejando caer los huevos dese el aire durante el vuelo, valiéndose de la lámina vulvaria.
En el segmento 10 del abdomen de los machos se localizan los apéndices anales. Estos son de dos tipos, apéndices anales superiores (cercoides) y apéndices anales inferiores (cercos). En los caballitos, los machos, poseen un par de cercoides y un par de cercos, carácter que no se observa en los anisópteros que poseen un par de cercoides y el cerco es una estructura simple- Estos apéndices permiten sujetar a la hembra, durante la cópula, por el pronoto, en los caballitos, o por los ojos y occipucio en las libélulas. Las hembras de ambos subórdenes carecen de apéndices anales inferiores aunque sí presentan los superiores, los cuales tienen por encima la lámina supraanal y por debajo la lámina subanal
Tanto en machos como en hembras el décimo segmento presenta dos apéndices situados en la parte superior denominados cercoides. Además en los machos de anisópteros, en el undécimo segmento del abdomen y en posición inferior, aparece un apéndice conocido como lámina supra-anal, mientras que en los machos de zygópteros aparecen dos apéndices denominados cercos. Cercoides, cercos y lámina supra-anal reciben el nombre genérico de apéndices anales. Estos apéndices son utilizados por los machos para sujetar a la hembra durante la cópula y son específicos de cada especie dificultando la cópula entre individuos de especies diferentes. Sin embargo, a veces se observan cópulas interespecíficas (entre individuos de distinta especie) e incluso tándems formados por individuos machos.
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http://www.juntadeandalucia.es/medioambiente/portal_web/agencia_andaluza... y http://extremambiente.gobex.es/files/biblioteca_digital/atlas_odonatos.p...